Des vestiges gallo-romains ont été trouvés sur place et sont visibles au musée gallo-romain de Lyon-Fourvière.
L’écrit le plus lointain portant sur Montmerle date de 1039. Il est relatif au chateau du village de l’époque.
Pour l’anecdote, en 1099, l’un des chatelains, Achard de Montmerle » régnant sur les lieux, est mort lors des croisades à la prise de Jérusalem.
Au fil des siècles, suite à des héritages, à des acquisitions, à des dotes, les seigneurs de Beaujeu ont étendus leur possession à la Dombes. C’est sans doute à cette époque que la chapelle « primitive » est construite.
Montmerle fait partie des douze Châtellenies de la Principauté de la Dombes : Ambérieux, Baneins, Beauregard, Chalamont, Chatelard, Lent, Lignieu, Montmerle, Saint-Trivier, Thoissey, Trévoux et Villeneuve.
C’est en 1400, que la Dombes et le Beaujolais passent aux mains des Bourbons.
En 1605, Henri de Bourbon Montpensier accorde aux habitants de Montmerle le droit d’organiser deux foires dont la célèbre foire de septembre qui duraient plusieurs semaines; il autorise les pères Minimes de l’ordre de Saint-François de Paule à s’installer en son château afin de prêcher contre l’hérésie.
Les pères resteront à Montmerle jusqu’à la révolution. Durant ces quatre siècles, la chapelle a été agrandie et agrémentée de peintures murales, encore visibles aujourd’hui.
Lors de cette période révolutionaire, le château et la chapelle sont abandonnés.
Les ruines du château ont servi en 1825 à la remise en état de la chapelle, dans sa taille actuelle et en 1840 à la reconstruction des maisons détruites par la grande crue de la Saône.
Montmerle et Cantiano 